Wszystkie produkty Zoho są bezpieczne z założenia, a każda zmiana i ich funkcje opracowane są w oparciu o bezpieczne wytyczne dotyczące kodowania, przechodzą przez narzędzia do analizy kodu, skanery słabych punktów i ręczne procesy przeglądu. Solidny framework bezpieczeństwa oparty na standardach OWASP, zaimplementowany w warstwie aplikacji, zapewnia funkcjonalności służące do ograniczania zagrożeń. 

Dane każdego klienta są logicznie oddzielone od danych innych klientów. Ponadto zapewniamy szyfrowanie zarówno w spoczynku, jak i podczas przesyłania, aby chronić dane użytkowników. Przechowywanie i tworzenie kopii zapasowych danych odbywa się w bezpieczny sposób.

Programy odzyskiwania danych po awarii i ciągłości biznesowej pomagają zapewnić wysoką dostępność. Dane klientów są rozmieszczone w różnych geograficznie centrach danych (DC), tak że dane w jednym DC są replikowane w innym. Gwarantuje to, że operacje przebiegają płynnie z minimalną stratą czasu lub bez straty czasu, jeśli jeden DC ulegnie awarii. Centra dystrybucyjne Zoho są fizycznie bezpieczne dzięki ścisłej kontroli dostępu ze strony dostawców kolokacji.

Zoho posiada solidny system rejestrowania i monitorowania, aby zapewnić czysty i bezpieczny ruch przez własne serwery. Korzysta z systemów wykrywania i zapobiegania włamaniom, aby zapewnić ochronę i zapobiec niewłaściwemu wykorzystaniu infrastruktury. Do zarządzania podatnościami używa się kombinacji certyfikowanych zenętrznych narzędzi do skanowania (od innych dostawców) oraz narzędzi wewnętrznych.